Usuwanie związków biogennych
Trzeci stopień oczyszczania polega na usunięciu ze ściekązków azotu i fosforu. Oczyszczalnie biologiczne usuwają tylko część tych zanieczyszczeń. Dalszą redukcję azotu można przeprowadzać na drodze biologicznego utleniania amoniaku i związków amonowych do azotynów i azotanów. Szybkość nitryfikacji zależy od zawartóści tlenu w komorze osadu czynnego. W następnej fazie należy pozbyć się azotanów ze ścieków. Można to zrobić metodą biologiczną, wykorzystując bakterie denitryfikujące, dla których żródłem tlenu są azotany i azotyny. Azot można też usunąć metodami chemicznymi, stosując np. procesy adsorpcji, odpędzania amoniaku w wieżach desorpcyjnych czy wymianę jonową. Metody te są jednak bardziej kosztowne niż ww.
W ściekach biologicznie oczyszczonych konieczna jest, podobnie jak w przypadku azotu, dalsza redukcja fosforu, gdyż tylko około 10-25% fosforu ze ściekurowych przyswajane jest przez organizmy. Reszty fosforu można pozbyć się przy użyciu koagulantów, takich jak sole wapnia, glinu, żelaza. Fosfor można wytrąca na różnych etapach oczyszczania mechaniczno-biologicznego ścieków (w osadnikach wstępnych, równocześnie z biologicznym oczyszczaniem i po biologicznym oczyszczaniu). Najbardziej uciążliwymi elementami procesu strącania fosforu jest tworzenie się dużych ilości osadu. Osad ten musi być specjalnie traktowany-nie może trafić do komór fermentacyjnych, gdyż w beztlenowym procesie fermentacji metanowej fosfor ulega redukcji i z postaci stałej hydrolizuje. Uwalniany do cieczy osadowej, powodowałby krążenie coraz większych ilości tego pierwiastka w obiegu oczyszczalni.